Häufig sind bei Patienten mit Mukopolysaccharidose operative Eingriffe indiziert. Typische chirurgische Interventionen sind beispielsweise Herniotomien, Tonsillektomien, Parazentesen oder eine kraniospinale Dekompression. Die Narkosen gestalten sich als äußerst komplikationsreich. Die veränderten anatomischen Verhältnisse (Makroglossie, enger Kehlkopf, verdickte Schleimhäute) erfordern viel Erfahrung und oftmals eine Spezialausstattung (z. B. Fiberoptik) zur Intubation. Ein weiteres Problem besteht insbesondere bei MPS Typ I, IV und VI in der Instabilität der oberen Halswirbelsäule. Eine Überstreckung im kraniozervikalen Übergang stellt hier ein lebensbedrohliches Risiko dar.